Unmittelbar nach Kriegsbeginn richtet iwis im Herbst 1939 eine Geheimabteilung zur Herstellung von Aufschlagzündern für die Zwei-Zentimeter-Flakgranate ein. Die Produktion läuft noch im Jahr 1939 an und endet erst mit Kriegsende 1945. Insgesamt umfasst die Zünderfertigung etwa zehn Prozent der gesamten Produktionskapazität. Otto Winklhofer begründet die Entscheidung zur Rüstungsproduktion mit der Notwendigkeit, wenigstens einen Teil der Facharbeiter vor dem Einzug in die Wehrmacht zu bewahren. Ein weiteres, starkes Motiv bildet die Sicherung des Fortbestands des Unternehmens: Zu präsent sind noch die Erfahrungen aus dem Ersten Weltkrieg, als nicht kriegsrelevanten Betrieben die Schließung drohte.